Frankie (PATRICIA ARQUETTE), 23, ist Friseurin und hat einen Freund. Eigentlich unterscheidet sie nichts von vergleichbaren Frauen ihres Alters. Und dennoch ist Frankie anders, denn sie wird plötzlich Opfer übernatürlicher Mächte. Sie blutet aus Wunden an den Handgelenken und hat grauenhafte Visionen. Aber kein Arzt kann ihr helfen und niemand kann ihr die Frage beantworten: Warum erleidet ausgerechnet sie, die nicht einmal an Gott glaubt, so genannte Stigmata, die Wunden Jesu …Nachdem ein Priester in der U-Bahn Zeuge eines weiteren übernatürlichen Angriffs auf Frankie wird und den Vatikan informiert, schickt Kardinal Houseman (JONATHAN PRYCE) von dort einen Beauftragten: Vater Andrew Kiernan (GABRIEL BYRNE) ist Priester und Wissenschaftler zugleich. Im Namen der Kirche überprüft er unerklärte Phänomene und teuflische Besessenheit auf ihren Wahrheitsgehalt. Kiernan erkennt schon nach kurzer Zeit, dass sich die junge Frau in großer Gefahr befindet – und entgegen aller Warnungen aus dem Vatikan beschließt er, sie zu retten. Gemeinsam mit Frankie will er sich ihren Dämonen stellen ...